Считаю, что для работы с DOM стоит, по-возможности, использовать предназначенные для этого инструменты: либо xnode, либо полноценную трансформацию. Разбирать и преобразовывать DOM regexp'ами не очень надёжно.
Если не получится — покажи минимальный пример HTML и итогового XML — подумаем над шаблоном.
