Несколько цитат из документация по MySQL:

mashi 02.03.2005 15:40 / 02.03.2005 15:47

Цитата 1
«Несколько обновлений подряд выполняются намного быстрее, чем отдельные обновления если вы блокируете таблицу.»
(5.2.10)

Цитата 2
«Так как в MySQL операции INSERT, UPDATE и DELETE очень быстрые, общая производительность будет улучшаться, если добавлять блокировки ко всем командам, делающим более 5 вставок или обновлений подряд. Если делается очень много вставок строк, можно время от времени сопровождать команду LOCK TABLES командой UNLOCK TABLES (после каждых 1000 строк), чтобы позволить другим потокам обращаться к таблице.»
(5.2.9)

Делай так:
1. Заблокируй таблицу (LOCK TABLES)
2. Выполни необходимое количество UPDATE-ов
3. Разблокируй таблицу (UNLOCK TABLES)

---